Mit dem Bau der auch als "Johanniterkirche" bezeichneten Pfarrkirche St. Johann Baptist wurde 1492 unter Mathilde von Virneburg, der Witwe des Grafen Kuno von Manderscheid-Schleiden begonnen. Der Bau, der als Einstützenkirche möglicherweise nach dem Vorbild der Hospitalkirche von Kues ausgeführt ist, wurde 1508 fertiggestellt. Der Kirchturm diente gleichzeitig als zusätzlicher Wehrturm der Burganlage. Die Bezeichnung "Johanniterkirche" weist auf die Ursprünge kirchlichen Lebens in Kronenburg hin, das durch eine Niederlassung des Johanniter-Ordens begründet wurde. Der Orden, der seit dem 13. Jahrhundert über Besitz im Bereich Kronenburg verfügte, stellte bis 1803 die Priester der Kirche.